Hãng này được hình thành từ nhiều nhà đầu tư Việt Nam mà đại diện là Công ty đầu tư phát triển sản xuất Hạ Long (Kiên Giang). Theo đề án ban đầu, hãng có tên là Phú Quốc Air, được Thủ tướng Chính phủ cho phép thành lập theo đề nghị của Ủy ban Nhân dân tỉnh Kiên Giang. Tuy nhiên, đến tháng 10 năm 2008, trên giấy phép chính thức thành lập mang tên Công ty Cổ phần Hàng không Mê Kông, tên giao dịch là Mekong Aviation Joint Stock Company, với vốn điều lệ ban đầu là 200 tỷ đồng.

Theo đề án dự kiến, hãng này sẽ có trung tâm hoạt động tại Sân bay Phú Quốc, Kiên Giang, cung cấp dịch vụ vận chuyển hành khách bằng đường hàng không trên các tuyến Nội Bài - Phú Quốc, Tân Sơn Nhất – Phú Quốc, Nội Bài-Tân Sơn Nhất và Đà Nẵng – Tân Sơn Nhất. Hãng sẽ sử dụng máy bay Bombardier CRJ 900 có 95 chỗ, gồm 2 hạng thương gia và hạng phổ thông. Dự kiến vào thời điểm khai trương đường bay vào tháng 10 năm 2010, hãng sẽ có 4 máy bay thuê từ hãng Sky West Leasing.